南京地鐵S6號線一共13地鐵站，分別為馬群、百水橋、麒麟門、東郊小鎮、古泉、南京猿人洞、湯山、泉都大街、黃梅、童世界、華陽、崇明、句容。全線途徑棲霞區、江寧區、句容市等3個地區。
南京地鐵S6號線時間表
| 序號 | 站名 | 始發時間 | 末班時間 |
|---|---|---|---|
| 1 | 馬群 | 06:00 | 22:30 |
| 2 | 百水橋 | 06:02 | 22:32 |
| 3 | 麒麟門 | 06:04 | 22:34 |
| 4 | 東郊小鎮 | 06:08 | 22:38 |
| 5 | 古泉 | 06:12 | 22:42 |
| 6 | 南京猿人洞 | 06:16 | 22:46 |
| 7 | 湯山 | 06:19 | 22:49 |
| 8 | 泉都大街 | 06:22 | 22:52 |
| 9 | 黃梅 | - | - |
| 10 | 童世界 | 06:32 | 23:02 |
| 11 | 華陽 | 06:35 | 23:05 |
| 12 | 崇明 | - | - |
| 13 | 句容 | - | - |
南京地鐵S6號線站點線路圖
相反線路：南京地鐵S6號線(寧句線)(句容-馬群)時間表
| 序號 | 站名 | 始發時間 | 末班時間 |
|---|---|---|---|
| 1 | 句容 | 06:00 | 22:00 |
| 2 | 崇明 | 06:02 | 22:02 |
| 3 | 華陽 | - | - |
| 4 | 童世界 | - | - |
| 5 | 黃梅 | 06:13 | 22:14 |
| 6 | 泉都大街 | 06:19 | 22:19 |
| 7 | 湯山 | 06:21 | 22:22 |
| 8 | 南京猿人洞 | 06:25 | 22:25 |
| 9 | 古泉 | 06:28 | 22:29 |
| 10 | 東郊小鎮 | 06:33 | 22:34 |
| 11 | 麒麟門 | 06:36 | 22:37 |
| 12 | 百水橋 | 06:38 | 22:39 |
| 13 | 馬群 | - | - |